Der Gedanke, in Wasserburg wie für die Mädchen auch für die Knaben ein neues Schulhaus zu bauen, wurde zwar noch mehrmals aufgegriffen, die Verwirklichung des Vorhabens scheiterte jedoch immer wieder an der Finanznot der Stadt oder an den politischen Ereignissen.

1937 lösten die Nationalsozialisten das Problem auf ihre Weise: Die Buben zogen in das Schulhaus am Gries um; die Mädchen kehrten in das „Englische Institut“ zurück, das alte Knabenschulhaus in der Hofstatt wurde „Kreishaus der N.S.D.A.P“

Die Schulräume waren durch diesen „Schachzug“ nicht mehr geworden, man musste deshalb mit einzelnen Klassen in verschiedene Wasserburger Gebäude ausweichen. Ein unerträglicher Zustand!

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die räumliche Situation der Volksschulen nicht besser. Es sollte aber noch fast ein Vierteljahrhundert vergehen, bis die Stadt ein weiteres Schulhaus bauen konnte. 

In den sechziger Jahren war es endlich so weit. Grundstücke standen zur Verfügung, und auch an eine solide Finanzierung konnte gedacht werden. 

Zunächst gab es hitzige Diskussionen wegen des Bauplatzes. Auch die Frage, welche Klassen in dem neuen Haus untergebracht werden sollten, beschäftigte die Verantwortlichen. Schließlich einigte man sich auf das „Gerbl-Kloster-Grundstück“ und darauf, dass die Grundschule für die Altstadtkinder im Schulhaus am Gries verbleiben sollte, die Grundschüler und –schülerinnen aus dem Burgerfeld sowie die 5. – 8. Klassen der Mädchen- und Knabenschule unter getrennter Schulleitung aber in das Schulhaus am Klosterweg kämen. 

Ein Planungs-Wettbewerb wurde ausgeschrieben. Den Zuschlag erhielt der Architekt Max Breitenhuber aus München. Sein Modell gefiel wegen der auseinander gezogenen, meist nur zwei Stockwerke hohen Baukörper, wegen des großen Eingangshofes von Westen her, der Pausenplatzzuordnung, der Anpassung an das Gelände, das zum Inn hin abfällt, und auch wegen der günstigen Kostenvorstellung.

Die würfel- und quaderförmigen, waagrecht gegliederten Bauelemente mit den Flachdächern trafen genau den damaligen Zeitgeschmack.

Ein Gebäude des früheren Kapuzinerklosters (aus der Mitte des 19. Jahrhunderts), das mit der Klosterkapelle erhalten geblieben war, konnte leider nicht in die Baupläne einbezogen werden. Überlegungen in dieser Richtung gab es zwar, sie waren jedoch aus unterschiedlichen Gründen nicht zu verwirklichen.

So wurde das mittlerweile recht heruntergekommene Haus zusammen mit den Resten der altersschwachen Klostermauer abgerissen. In zweijähriger Bauzeit entstand auf dem Grundstück ein großzügig geplantes, modernes Schulgebäude, das allen derzeitigen Anforderungen entsprach und die Raumnot der Wasserburger Volksschulen auf lange Zeit beheben sollte.

Doch zugleich mit der Fertigstellung des Baus im Jahre 1969 ergab es sich, dass man dieses Ziel wieder nicht ganz erreicht hatte.

Es kam nämlich eine Volksschulreform: die neunte Klasse wurde eingeführt, anstatt einer Mädchen- und einer Knabenschule gab es nun eine Grundschule für die Klassen 1 bis 4 und eine Hauptschule mit den Klassen 5 bis 9.

Zugleich erfuhren die praktischen Fächer eine Erweiterung, neue Unterrichtsinhalte kamen dazu, und mehrzügig geführte Klassen sollten größere Effizienz und eine umfangreichere, auf den einzelnen Schüler zugeschnittene Fächerwahlmöglichkeit zur Folge haben.

Voraussetzung dafür war die Zentralisierung im Hauptschulbereich.

Neben den Wasserburger Kindern und Jugendlichen besuchten nun zahlreiche Schüler und Schülerinnen aus umliegenden Gemeinden die Hauptschule Wasserburg im Schulhaus am Klosterweg, das trotz wechselnder Raumnot jedes Jahr auch einige ausgelagerte Grundschulklassen beherbergte.